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一、常见病害：
1、芹菜软腐病 该病多发生在芹菜移栽缓苗期或缓苗后的生长初期。一般先从柔嫩多汁的叶柄基部开始发病。发病初期，病斑淡褐色，水渍状，纺锤形或不规则形，稍凹陷，迅速扩展后内部组织呈黑褐色腐烂，有恶臭，最后仅残留表皮。
2、芹菜心腐病 病原菌主要随病残体在土壤越冬。定植时，病原菌从芹菜伤口侵入引起发病。12-36℃均能发病，最适温度为27℃-30℃。病原菌通过昆虫、降水、灌溉及各种农事操作传播。
3、芹菜斑枯病 该病主要危害叶片，也可危害叶柄和茎。叶片上初生淡褐色油浸状小斑，边缘明显，后扩大为圆形，边缘褐色，中央淡褐色到灰白色，病斑上生出许多小黑点，病斑外有黄色晕圈。低温高湿有利于病害发生和流行，气温20℃-25℃，潮湿多雨的天气发病重。
4、芹菜早疫病又称斑点病。苗期到成株期均可发生，主要危害叶片，叶柄和茎也可受害。叶上初期产生黄绿色水浸状斑点，发展为圆形或不规则形灰褐色病斑。叶柄及茎上初期为水浸状斑点，后变为灰褐色，椭圆形，稍凹陷病斑。高温、高湿、多雨发病重。
5、芹菜菌核病 芹菜全生育期均可发病，危害芹菜叶柄和叶。受害部初期呈褐色水渍状，后变软腐烂，病部生白色菌丝，后期形成黑色鼠粪状菌核。低温、高湿、多雨、种植过密易于发病。
二、综合防治：
1、选用抗病、耐病品种如“美国西芹”“津南实芹1号” “夏芹”等。
2、种子处理无病株采种，播种前用48℃的温水浸种30分钟，可有效杀死种子上的病原菌。浸种时不断搅动使之均匀受热，然后将种子投入冷水中冷却，晾干播种。
3、农业防治 实行2年以上轮作，可减少病原菌的积累，减轻病情；及时清除病残体，合理密植，增加通风透光度；合理施肥，施足底肥并增施磷钾肥和硼肥，培育健壮植株以提高抗病力；合理灌溉，不大水漫灌。
4、药剂防治 发现病株立即拔除并用药剂控制，防止蔓延。一般每7天-10天施药1次，连续用药2次—3次。对斑枯病用3％农抗120水剂100倍液、75％百菌清可湿性粉剂600倍液、或70％甲基托布津可湿性粉剂800倍液等防治；对早疫病用77％可杀得500倍液、3％农抗120水剂100倍液、或50％多菌灵可湿性粉剂500倍液等防治；对菌核病用50％速克灵可湿性粉剂1500倍液、50％农利灵1000倍液、或50％菌核净1000倍液喷雾防治；对软腐病和心腐病，在发病初期喷洒72％农用链霉素或新植霉素3000倍—4000倍液，或用14％络氨铜水剂300倍液、或30％DT胶悬剂500倍液喷雾防治。
5、喷施赤霉素 赤霉素是一种高效能的植物生长刺激素，喷施后能促进细胞的分裂，增大细胞的体积，提高植株整体细胞生长速量。在生产中施用时，要掌握好喷施的时间及配比浓度。一般是在定植后一个月左右，当植株体长到20厘米左右或是在采收前15—30天前后，这一时期是芹菜植株体处于旺盛生长期，是喷施赤霉素的最佳时期。喷施过早会导致芹菜生长纤细瘦弱，还易引起抽薹过迟则效果不明显。施用浓度一般为10毫克/升，如在赤霉素溶液中按1%的浓度加入蔗糖；或按0.1%加入磷酸二氢钾效果会更好。一般要选择晴天，在九点以前喷施，每周喷一次，共喷2—3次，阴雨天不宜施用。喷施后生长速度加快，水肥应及时补充，以利于正常生长。水肥跟不上易出现茎柄细长，外观细弱，空心等生理现象，不仅影响产量，反而会降低品质。
6、 施用锌肥 锌元素在植株体内的主要作用是参与生长素的合成和某些酶系统的活动，直接影响着芹菜的生长速度。芹菜是需锌元素较为敏感的作物，缺锌时表现为植株顶端生长受抑制，出现茎叶细小畸形，叶呈簇状。锌肥可以以基肥的形式每亩施入硫酸锌4公斤。也可进行叶面喷施，一般喷施的浓度为0.01—0.05%的硫酸锌或氯化锌，也同样起到良好的效果。在满足锌肥的前提下，同时也能调节根部锰元素的含量，叶部位铁的含量，茎柄部位糖含量都有所提高，纤维素含量明显下降，提高了芹菜的商品质量。
此外，芹菜对硼和钙两元素比较敏感，土壤中缺硼或由于土壤温度过高过低，都易使硼、钙元素吸收受到抑制，都会使芹菜产生叶柄横裂和干心病等生理性病害，降低了产品的产量与质量。因此，在芹菜生长过程中应注意增施含硼、钙元素的肥料。
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