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1.软腐病又称腐烂病，是一种细菌性土传病害，地块连作、地势低洼、土质黏重、雨后渍水或大水漫灌、施用未腐熟土杂肥或偏施氮肥等皆易诱发此病害。此病多发生在芹菜移栽缓苗期或缓苗后的生长初期。主要危害植株叶柄的基部和茎部，患部初呈不定型水渍状，后迅速扩大为淡褐色、纺锤形或不规则形的凹陷病斑，甚至病组织完全腐烂，变黑发臭，全株萎垂、枯死。
防治方法：①实行两年以上轮作是防治此病的最好方法。选用抗病品种，无病土育苗。收获后在彻底清除病残体的基础上较早深翻晒土或灌水，结合犁翻整地。②加强栽培管理，定植、松土时避免伤根，培土切勿过高，不要将叶柄、茎埋在土内，发病期尽量少浇水或停止浇水。施用腐熟的有机肥，适当增施磷、钾肥。发现病株及时拔除，病穴用福尔马林消毒，也可撒一些石灰消毒土壤。③用农抗751粉剂或丰灵可溶性粉剂，按种子重量的1%拌种后播种，或用2%农抗751水剂100倍液15毫升拌200克种子，晾干后播种。④在播种沟内，用2%农抗751水剂5公斤或丰灵可溶性粉剂1公斤，加水50公斤，均匀施在一亩地的垄沟内。⑤苗期用丰灵可溶性粉剂500克，加水50公斤，浇灌根部和喷洒叶柄及基部，或在浇水时，每亩随水加入农抗751水剂2～3公斤。⑥发病初期，可喷72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂或新植霉素4000倍液、30%DT可湿性粉剂400～500倍液、50%代森铵水剂800倍液。喷洒植株和浇灌根颈部，视病情每隔7～10天喷1次，连续喷2～4次。
2.斑枯病俗称“火龙”，冬春保护地发病严重。一般发生在叶片上，也可以危害叶柄及茎部。叶片上有大斑型和小斑型两种，早期病状相似，老叶先发病，病斑多散生，初为淡褐色油渍状小斑点，边缘明显，后扩大为圆形，边缘褐色，中央淡褐色到灰白色，病斑上生出许多小黑点，病斑外有黄色晕圈。低温高湿有利于病害发生和流行，气温20℃～25℃，潮湿多雨的天气发病重。
防治方法：①因地制宜选用抗病、耐病品种。②种子消毒。50℃温水浸种30分钟，然后放入冷水中冷却，晾干播种，此法会使发芽率降低10%，应增加部分播种量，或用50%福美双可湿性粉剂500倍液浸种24小时。③农业防治。实行2～3年轮作，加强田间管理，合理密植，施足底肥，看苗追肥，增强植株抗病力，清洁田园，合理控水。④保护地栽培要注意降温排湿，白天控温15℃～20℃，高于20℃要及时放风，夜间控制在10℃～15℃，缩小日夜温差，减少结露，切忌大水漫灌。⑤化学防治：初发病时摘除病叶，保护地可用5%百菌清烟剂250克/亩熏烟。视病情连续使用2～4次，间隔7～10天1次。
3.叶斑病又称早疫病、斑点病，是芹菜上一种严重的病害，苗期到成株期均可发生。主要危害叶片，也可危害叶柄及茎。叶片上病斑初呈黄绿色水渍状斑点，后扩展为近圆形至不定型黄褐色或黑褐色坏死斑。叶柄及茎上初期为水浸状斑点，后变为灰褐色，椭圆形，稍凹陷病斑，潮湿时病斑面长灰白色霉层，严重时植株病斑密布，可导致枯死或倒伏。高温、高湿发病重。
防治方法：①选用抗病品种，如美国芹菜、文图拉、百利等。②种子处理。无病株采种，播种前用50℃温水浸种30分钟，然后投入冷水中冷却，晾干播种。③农业防治。合理密植、科学控水，增施有机肥，清除病残体，保护地应注意通风排湿。在条件容许的情况下可实行2年以上的轮作等。④药剂防治。在以本病为主的地块，可喷施50农利灵可湿性粉剂1000倍液或50%施保功乳油1500倍液，每隔7～15天喷施1次，交替使用。保护地用5%扑海因粉尘剂15公斤/亩较好。
4.菌核病芹菜全生育期均可发病，危害芹菜叶柄和叶。受害部初呈暗绿色、水渍状，后呈褐色湿腐至软腐，表面长满白色菌丝状，形成白色霉层，后白色菌丝体中出现黑色鼠状菌核。保护地的芹菜在秋冬至春季，低温高湿、种植过密或棚室通风性差较易发病。
防治方法：①芹菜收获后清除病残体，深翻土壤，把土表菌核翻入地表10厘米以下，有条件的还可以灌水浸一段时间，使菌核难萌发。棚室保护地利用夏季高温季节的闷棚升温使菌核死亡，减少菌源，芹菜生长季节加强管理，及时发现病株并拔除。②发病初期摘除下部老叶、病叶，同时可用50%农利灵可湿性粉剂1000倍液、50%扑海因可湿性粉剂1500倍液喷雾防治。保护地可以用15%腐霉利（速克灵）烟剂、10%二甲菌核利烟剂熏烟，300～400克/亩。视病情连用2～3次，一般7～10天用药1次。喷药时着重喷植株下部。
5.病毒病又称抽筋病，是芹菜上的主要病害。病害从苗期开始发病，叶片初期呈现浓、淡绿色斑驳或黄色斑块，表现为明显的黄斑花叶，后变为褐色的坏死斑，也可出现边缘明显的黄色或淡绿色环形放射状病斑，严重时心叶扭曲畸形或全株叶片皱缩不长、黄化、矮缩，叶柄扭曲，全株矮化，甚至死亡。此病在芹菜的全生育期都可发生，以苗期发病受害重。靠蚜虫传播，人工操作时接触也可以传毒，栽培条件差，管理粗放，干旱缺肥、水，蚜虫多则发病重。病毒主要在保护地芹菜和其他宿根寄主上越冬。
防治方法：①加强栽培管理。芹菜育苗期易感病，做好苗期防病是防治的重点，需采取措施降低苗床温度，减少光照，合理灌水，剔除病苗，培育壮苗。防旱、防涝，适时浇水施肥，促进植株健壮生长，提高抗病力。②治蚜防病。在整个生长期注意及时防治蚜虫。③发病初期喷施抗毒剂1号200～300倍液或20%病毒A可湿性粉剂500倍液。
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